秦二世三年，楚汉双方剑拔弩张，刘邦因 “鸿门宴” 中肖琪的出色谋划，将军事指挥权交予这位性格内敛却智勇双全的将军。肖琪统领军队期间，一方面布局对抗项羽阵营（如派遣元颢通防守、龙刀冷箭刺探军情），一方面与南宫燕相遇相知 —— 他在进军途中救下昏迷的南宫燕，融化其因家破人亡而冰封的心，二人渐生情愫。
然而，战争中的阴谋与背叛从未停歇：项羽阵营的慕容骥设下陷阱，肖琪与南宫燕在山洞遭遇人为塌陷，险些丧命；军队内部暗藏奸细（梁冬），多次泄露军情；单虎阵营的花香献计搅局，易遥遇刺、梁冬牺牲等事件接连发生。肖琪在南宫燕师父 “布衣” 的暗中相助与身边将士（李雨田、池锦英等）的支持下，多次化解危机，逐步推进战事。
情感线上，南宫燕因师父嘱托暂离，肖琪在低谷时与林灵相遇，却因林灵重回单虎身边而陷入失落。最终，肖琪重振精神，制定终极作战计划，联合聂秉旬、易逍等人突袭项羽阵营，恰逢南宫燕带师父弟子归来相助。楚汉之争以项羽乌江自刎落幕，但肖琪却陷入对南宫燕的长久等待。
